La retraite de Platini en 1987, conjuguée à la montée en puissance du Naples de Maradona puis du Milan de Van Basten, contraint la Juve à jouer les seconds rôles en championnat, excluant ainsi le club pour longtemps de la plus prestigieuse des coupes européennes. A défaut de la coupe des champions, les bianconeri se rabattent sur la coupe de l’UEFA, épreuve à laquelle ils participeront sept fois entre 1987 et 1995.
La campagne 1987-88 en UEFA se termine dès les 1/16ème de finale contre les pourtant modestes grecs du panathinaikos d’Athènes (0-1;3-2). L’édition suivante (1988-89) est encore plus douloureuse pour les turinois : arrivés sans trop de difficultés en 1/4 de finale, ils affrontent le Naples de Maradona. Le match aller au stade des alpes se termine sur le score, idéal pense-t-on alors, de 2-0 pour les noirs et blancs. Le retour à Naples vire malheureusement au scénario catastrophe pour les bianconeri : portés par un public déchaîné, les napolitains refont leur retard de deux buts grâce à Maradona et Carnevale. Durant les prolongations, Renica crucifie la défense turinoise à la…119ème minute!. La défaite est d’autant plus cruelle qu’elle ouvrait une voie royale à Naples qui remporta par la suite cette coupe de l’UEFA.
La saison 1989-90 marque la troisième participation consécutive du club à la coupe de l’UEFA, et cette dernière est cette fois-ci couronnée de succès. L’équipe entraînée alors par Dino Zoff et emmenée en attaque par Salvatore Schillaci, future star du mondial italien de 1990, remporte la compétition en battant en finale, plaisir suprême, la Fiorentina. Les bianconeri s’imposent 3-1 chez eux grâce à Galia, Casiraghi et De Agostini puis gèrent leur avance au match retour (0-0) joué sur terrain neutre à Avellino. Parmi les vaincus florentins, l’un d’entre eux, un certain Roberto Baggio, revêtira quelques semaines après le maillot turinois. C’est le premier trophée européen de l’après-platini.
En 1990-91, la Juve abandonne provisoirement la coupe de l’UEFA pour participer à la coupe d’europe des vainqueurs de coupe grâce à son succès obtenu en coupe d’Italie contre le Milan AC. Les bianconeri passent haut la main les trois premiers tours en écrasant successivement les bulgares de Silven (2-0;6-1), les autrichiens de l’Austria de Vienne (4-0;4-0) et les belges de Liège (3-1;3-0). Nouveau meneur de la Juve, Baggio est étincelant : il inscrit la bagatelle de 8 buts en 6 matchs. En demi-finale, c’est l’obstacle du FC Barcelone qui se dresse devant les noirs et blancs. Défaits 3-1 au Nou Camp, les co-équipers de Baggio doivent vaincre par deux buts d’écart au retour pour se qualifier. L’espoir renaît lorsque Baggio, à l’heure de jeu, transforme superbement un coup-franc à la limite de la surface de réparation. Malgré un pressing constant durant la dernière demi-heure, plus rien ne sera marqué et la Juventus doit laisser la route de la finale aux espagnols. Le club se console par la prestation exceptionnelle de Baggio durant l’épreuve : avec 9 buts, il est le meilleur buteur de cette édition de la coupe des coupes.
Après une saison européenne blanche en 1991-92 (la seule de toute l’histoire du club), les piemontais renouent avec la coupe de l’UEFA en 1992-93 : cette édition couronnera à nouveau la Juve mais aussi et surtout le talent de Roberto Baggio : déjà impressionnant lors de sa première campagne européenne avec les bianconeri deux ans plus tôt, “il divino codino” éclabousse de sa classe cette coupe de l’UEFA. Discret jusqu’en demi-finales, il qualifie à lui tout seul le club pour la finale en inscrivant les trois buts (dont un sublime coup-franc) qui éliminent l’équipe du psg (2-1;1-0). C’est encore lui qui fait basculer la finale en inscrivant deux buts à l’aller sur le terrain du Borussia Dortmund (victoire finale 3-1). Le match retour à turin n’est qu’une simple formalité (3-0). Le ballond d’or viendra récompenser les performances de Baggio durant cette saison européenne.
Engagée à nouveau en coupe de l’UEFA en 1993-94, la Juve perd son sceptre en 1/4 de finale contre Cagliari (0-1;0-2).
Les bianconeri ont l’opportunité de re-conquérir cette épreuve en 1994-95. Le premier adversaire proposé, le CSKA Sofia, est balayé (3-0;5-1). Deux joueurs du club se mettent particuliérement en évidence durant cette double confrontation : le premier, un certain Del Piero, qui n’a pas encore 20 ans, inscrit un but, beaucoup d’autres suivront….Le second, Fabrizio Ravanelli, se fait connaître de l’europe entière en marquant à lui seul les cinq buts de la Juve au match retour : jamais un joueur italien n’avait réussi pareil exploit en coupe d’europe. La Juve continue ensuite sans embuches son parcours jusqu’en demi-finales, grâce notamment à un Ravanelli toujours euphorique (9 buts au total, meilleur buteur de l’épreuve). L’adversaire en demi-finales n’est autre que le Borussia Dortmund, avide de revanche après sa défaite cuisante en finale UEFA 1992-93. Au match aller en Italie, les bianconeri évitent de justesse la défaite grâce à un but de Jürgen Köhler à la 87ème minute (2-2). La Juve doit donc vaincre en allemagne pour accéder à sa troisième finale UEFA en six saisons. Le match retour débute de façon idéale pour les piémontais qui marquent dès la 6ème minute par le défenseur Sergio Porrini, mais Dortmund réplique immédiatement par le brésilien Julio Cesar, un ancien de la Juve. C’est encore Baggio qui fait la décision pour les bianconeri grâce à un maître coup franc à la demi-heure de jeu. La finale se joue contre le club de Parme, alors dauphin de la Juve en championnat. Les turinois sont battus à Parme 0-1 malgré s’être procurés les meilleurs occasions par Vialli et Ravanelli. Au retour à Turin, Vialli remet les deux équipes à égalité sur les deux matchs puis Dino Baggio un autre ancien du club, crucifie les bianconeri : la Juve ne remportera pas la quatrième coupe UEFA de son histoire.
